โครงเรื่องหนาขึ้น Metal Gear Solid เป็นซีรีส์ที่เต็มไปด้วยการสมคบคิดมาตลอดและดูเหมือนว่าการสมคบคิดได้ทำให้เกิดในโลกแห่งความเป็นจริง ราวกับว่าการสลายลึกลับระหว่างโคนามิกับฮิดีโอโคจิมะนั้นไม่เพียงพอดูเหมือนว่า Metal Gear Solid V มีเลเยอร์ลึกลับอีกชั้นหนึ่งฝังอยู่ภายในโค้ด ผู้เล่นบางคนใช้รหัสนี้และค้นพบเกมพีซียุค 80 เก่า
เกมนี้มีชื่อว่า คดีฆาตกรรมอนุกรม Portopiaซึ่งโคจิมาพูดเป็นหนึ่งในเหตุผลที่เขาต้องการทำงานในเกม ผู้เล่นพยายามอย่างเต็มที่เพื่อให้เกมทำงานได้อย่างเต็มประสิทธิภาพโดยการรวบรวมรหัสที่ซ่อนอยู่ เลขศูนย์ และ The Phantom Painและดูเหมือนว่าสิ่งที่ครอบงำจิตใจนี้ได้จ่ายออกไป - แม้ว่าเกมจะเป็นภาษาญี่ปุ่น ผู้เล่นกำลังค้นหาความหมายบางอย่างในนี้ ฮิเดโอะโคจิมะคงไม่ทำอะไรเลย ผู้เล่นรู้ว่าต้องมีความหมายซ่อนเร้นอยู่เบื้องหลังและพวกเขาตั้งใจแน่วแน่ที่จะค้นหาว่ามันคืออะไร